Фенхель применяют как успокаивающее средство при головной боли, при спазмах желудочно-кишечного тракта, бронхите с вязкой и трудно отхаркиваемой мокротой, склонности к отекам, для полоскания полости рта и горла, а также увеличения выделения молока у кормящих женщин.
В народной медицине фенхель применяется как возбуждающее, укрепляющее и отхаркивающее средство. Помогает он и при метеоризме, запорах, несварении желудка, вздутии живота, потере аппетита, болезнях желчевыводящих путей и печени, нервном беспокойстве, нарывах и воспалительных заболеваниях.
В китайской медицине считается средством изгоняющим полный холод, улучшающим работу желудка, останавливающим рвоту и дающим ян.