Основным действующим веществом софоры японской является рутин, который обладает способностью (особенно в сочетании с аскорбиновой кислотой) уплотнять стенки сосудов и уменьшать их ломкость. В связи с этим рутин применяют для профилактики и лечения гипо- и авитаминоза Р и при заболеваниях, сопровождающихся нарушением проницаемости сосудов, при геморрагических диатезах, кровоизлияниях в сетчатку глаза.
В научной медицине используют и настойку плодов софоры японской. В виде орошений, примочек, влажных повязок, компрессов ее применяют при гнойных воспалительных процессах (раны, ожоги, трофические язвы). Имеются данные, что препарат может быть использован для лечения себореи и связанного с ней облысения.
Софора японская является средством, тонизирующим нервную систему, нормализующим обмен веществ и способствующим прекращению процесса отложения солей и образованию камней. Применяется при болезнях печени, почек, язве желудка и двенадцатиперстной кишки, гастритах, язвенных колитах, сахарном диабете, опухолях, женских болезнях, туберкулезах, пневмонии, плеврите, бронхите, астме, болезни уха, горла, носа, зубов, десен, гипертонии, стенокардии, тромбофлебите, ревматизме, экземе, радикулите, полиартрите, волчанке, тропической язве, грибках, лишаях, груднице, геморрое, ожогах, обморожении, ранениях.
В китайской медицине софору применяют как противовоспалительное, противоотечное и кровоостанавливающее средство. Назначают при внутренних и носовых кровотечениях. Китайские врачи считают, что цветы растения обладают свойством предупреждать возникновение инсульта, так как действуют гипотензивно.
В Корее препараты из быстро высушенных бутонов цветков софоры японской применяются как кровоостанавливающее средство при геморроидальном, желудочном, кишечном и маточном кровотечениях, при кровохарканье, при кровотечении из носа и при белях. Их используют и как средство для профилактики кровоизлияний в мозг.