В медицине применяют настой плодов можжевельника в качестве средства, дезинфицирующего мочевыводящие пути, а также как отхаркивающее и улучшающее пищеварение. Терапевтический эффект обусловлен эфирным маслом, которое, раздражая слизистые, усиливает перистальтику и улучшает секрецию желез, за счет чего происходит разжижение мокроты и улучшение её отделения. Выделяясь через почки, эфирное масло умеренно раздражает их, благодаря чему усиливается мочеотделение. В больших дозах эфирное масло вызывает сильное раздражение почек и уменьшает выделение мокроты.
В народной медицине можжевеловые ягоды используют в качестве слабого мочегонного средства, а также при водянке, малярии, ревматизме, нервных заболеваниях, золотухе, как противоцинготное средство. Благодаря наличию большого количества сахара, можжевеловые ягоды употребляют в винокурении для производства водки, ликеров, пива и напитков.
Растет можжевельник на умеренно влажных почвах, иногда в сыроватых местах в хвойных лесах.