В медицинской практике водяной перец применяют в виде жидкого экстракта, настоя и в составе противогеморройных свечей. Препараты водяного перца назначают как кровоостанавливающее средство, главным образом при маточных кровотечениях – меноррагиях, дисменорее и других, а также при геморрое, желудочно-кишечных заболеваниях.
В народной медицина водяной перец используют при дизентерии, поносах, метеоризме, коликах в области желудочно-кишечного тракта, при поллюциях, дизурии, гонорее, мочекаменной болезни, болезнях селезенки, эпилепсии, истерии, экземе, при суставном ревматизме, туберкулезе и других заболеваниях легких.
Древние греки использовали горец перечный для очищения и рассасывания затвердений и опухолей. Парацельс рекомендовал компрессы из травы как болеутоляющее и раздражающее средство, заменяющее горчичники. Порошком из травы присыпают застарелые язвы.
Водяной перец в свежем виде имеет горький остроперечный вкус и употребляются иногда как приправа.
Растет водяной перец по берегам рек, озер и болот, по сырым лесным дорогам, по канавам, на сырых лугах.